硕果累累，2019年蛋白质组学精华研究盘点
光阴似箭，岁月如梭，2019年的岁月转瞬即逝， 2020新年钟声已然叩响了新新一年的大门。
在过去的2019年里，蛋白质组学，尤其是修饰组学研究蓬勃发展，劈波斩浪，接连取得重大突破，数十篇相关的研究应用见刊于CNS等顶级期刊，为生命科学与精准医学领域增添了浓墨重彩的一笔。
在此，我们汇总了蛋白质组学、与翻译后修饰领域在2019年的精华研究。一起来看一下2019年中，蛋白质组学都取得了哪些重要突破？
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2019年2月28日，Nature在线发表了军事科学院军事医学研究院生命组学研究所、国家蛋白质科学中心（北京）、蛋白质组学国家重点实验室贺福初院士团队、钱小红教授团队联合复旦大学附属中山医院樊嘉院士团队等开展的早期肝细胞癌蛋白质组研究成果。研究首次描绘了早期肝细胞癌的蛋白质组表达谱和磷酸化蛋白质组图谱，发现了肝癌精准治疗的新靶点。
通过代谢物扩散并影响蛋白质的修饰和功能，是肠道微生物群落对宿主发挥调控作用的重要机制。2019年2月21日，凯斯西储大学医学院和克利夫兰医学中心的Jonathan S. Stamler研究团队在Cell发文，运用亚硝基化修饰组学，发现肠道微生物产生的一氧化氮(NO)可以通过影响宿主蛋白的亚硝基化修饰进而影响其功能，再一次证明了代谢物所诱导的蛋白质修饰改变是肠道微生物-宿主调控中的重要机制。
糖皮质激素广泛用于治疗转移性乳腺癌，以对抗化疗的副作用。2019年3月13日，发表在世界顶级杂志Nature上的研究提供了相反的论点，瑞士巴塞尔大学医院的研究团队对17个人源乳腺癌异种移植小鼠模型，利用转录组学、蛋白质组学和磷酸蛋白组学，全面分析了远端转移的过程中出现的全局性变化，发现糖皮质激素可以促进乳腺癌的远端转移。这对于目前糖皮质激素广泛运用于临床和癌症治疗来说，绝对是一个重要的提醒。
2019年4月17日，国际知名期刊Nature在线发表了南方科技大学田瑞军教授课题组与美国加州索尔克生物学研究所等多家单位合作在胰腺癌诊断和治疗方面的突破性研究成果。研究通过整合的蛋白质组学研究，发现白血病抑制因子（LIF）是介导胰腺星状细胞和胰腺癌细胞信息传递的关键旁分泌因子。降低LIF能够显著的延缓肿瘤细胞的发展进程。
2019年4月25日，国际著名期刊Cell发布了贝勒医学院的Bing Zhang教授等合作团队的最新研究成果。研究首次对结直肠癌的蛋白基因组进行了详尽的分析，揭示了新的生物标记物，药物靶标和肿瘤抗原。蛋白质组学和磷酸化修饰组学发现肿瘤经典研究蛋白Rb的磷酸化与结直肠癌的增殖凋亡密切关联，为未来结直肠癌的临床治疗提供新思路。
2019年5月1日，Nature主刊报道了芝加哥大学的Ernst Lengyel研究组与德国马普所Matthias Mann组等合作的关于卵巢癌以及卵巢癌附近基质的大队列蛋白质组学研究工作。利用蛋白质组学的大数据，结合已有的或预期的肿瘤调控猜想，成功发现了NNMT作为基质细胞对肿瘤转移的关键调控靶点，也为未来有针对的卵巢癌转移靶向治疗提供了新的思路。
免疫检查点抑制剂(ICIs)目前被认为是黑色素瘤免疫治疗的主流，然而大约50%的患者对治疗没有反应。2019年9月5日，国际顶级学术期刊Cell在线发文，研究人员通过对接受肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)或抗程序性死亡(PD1)免疫治疗的晚期黑色素瘤患者的蛋白质组学研究，表明了脂质代谢是一种调节机制，通过提高抗原递呈来增加黑色素瘤的免疫原性，从而增加对T细胞介导的体外和体内杀伤的敏感性，这可能是未来改善治疗应答的重要基础。
2019年9月19日，国际顶级学术期刊Cell发表了来自华盛顿大学圣路易斯医学院的研究团队的最新成果，运用针对群落菌群基因表达的定量蛋白质组学、宏蛋白质组学等方法，靶向筛选特定人类肠道微生物的营养来源。研究发现肠道微生物种群间的竞争，从而决定了肠道菌群对饮食纤维的选择性效应。
2019年10月3日，复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员及中国科学院生物化学与细胞生物学研究所高大明研究员合作团队在Cell上发文，研究者对159例 CHCC-HBV和配对癌旁肝组织样本展开了基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化修饰组学等多个角度的研究，完整地揭示了肝癌肿瘤细胞的分子特性，全面解析了肝癌的发生和发展机制，为肝癌的精准分型、个体化治疗和预后判断提供了新的思路和重要指导意义。
2019年10月3日，Cell杂志报道丹麦哥本哈根大学的Jesper V.Olsen教授团队研究成果，运用基于质谱技术检测互作蛋白组学的方法，研究者在肺组织中成功鉴定出超过1000个由EGF介导的酪氨酸磷酸化位点，描绘出当前最全面的组织特异性的EGFR酪氨酸磷酸化信号调控网络。更重要的是，在此基础上揭示了肺癌中EGFR突变致癌的分子机制，这对于今后的临床治疗具有很强的指导意义。
2019年10月11日，国际顶级学术期刊Science同期发表了三篇睡眠需求的蛋白质组学研究文章。来自德国慕尼黑大学医学院Maria S. Robles教授，苏黎世大学Steven A. Brown教授合作团队，结合蛋白质组学、磷酸化组学、转录组学技术，对小鼠前脑神经突触进行分析，首次全面的描述了在一天之中小鼠体内的数千种mRNAs、对应的蛋白质以及磷酸化位点的节律性变化，揭示了睡眠的恢复作用与神经元活动和突触可塑性之间紧密关联，同时探索了睡眠需求的稳态因子与昼夜节律之间的互作关系。Science同期还发表了威斯康星大学Chiara Cirelli的Perspectives文章，对睡眠需求与突触功能进行了总结和展望。
2019年10月23日，芝加哥大学赵英明教授课题组、Lev Becker教授课题组在国际顶级学术期刊Nature以research article的形式在线发表论文，报道了最新发现的组蛋白赖氨酸乳酸化修饰（Lactylation）及其功能。研究发现，代谢过程中积累的乳酸可以作为前体物质导致组蛋白赖氨酸发生乳酸化修饰，并参与细菌感染的M1巨噬细胞的稳态调控。该研究不仅为蛋白质的翻译后修饰研究开辟新的领域，也为代谢产物乳酸在肿瘤、免疫等领域参与的研究指引了新方向。
2019年10月31日，Cell在线发表了西奈山伊坎医学院的王培、约翰霍普金斯大学的Hui Zhang等研究团队合作成果，运用系统的蛋白基因组学方法深度揭示肾透明细胞癌病理特征。研究对肿瘤和相应的NAT进行全面的基因组、表观基因组、转录组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学测量的集成，为深入研究ccRCC肿瘤发生提供了宝贵的生物信息资源。
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